El Capital Natural es el conjunto de los recursos naturales y ambientales del territorio que pueden ser manejados para garantizar el desarrollo sostenible de una región determinada. El módulo de indicadores del Capital Natural busca medir los impactos de las acciones implementadas en la Región Trifinio, sobre los recursos naturales, el medio ambiente y la sociedad.
El módulo de indicadores del Capital Natural cuenta con (8) indicadores municipales y (6) indicadores intermunicipales o mancomunados.